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新婚旅行から帰還したフィリアたち。フィリアが聖女の務めに励む一方、オスヴァルトは隣国アレクトロンの王族を迎える準備で忙しくしていた。その一環で騎士団の分隊が王都にやってくるのだが、隊長エルムハルトがリーナの婚約者だと発覚し――！？

迫るヴィシスとの決戦を前にした三森灯河に、セラスは静かに語り始める。外界より隔絶されたハイエルフの国での幼少のみぎり。国を追われ、ネーア聖国へとたどりついた時の記憶。そしてカトレアのもとで、聖騎士団長として剣を振るった日々の名残を……。

三森灯河がアライオンへと迫るなか、大魔帝の心臓を手に入れたヴィシスは、ついに己が目的を果たさんと動き出す。その目的こそ神族の世界の破壊。そして人類への粛清。それを阻止せんと、ロキエラをはじめとした神族がヴィシスに立ち向かうのだが……？

神との決戦を前に、着実に攻勢を整える“解放者”たち。だが、リーダーのミレディは神代魔法の神髄に触れた副作用か、いつもと違う様子。そんな中、ラウスの足跡を掴んだ解放者たちは、彼を迎えに行くべく救出隊を派遣し、接触を目指すが――!?

故郷・水の街（マッカレン）で古竜を撃退した高月マコトは神託を受けルーシーの古里・木の国（スプリングローグ）へと向かうことに。ルーシーの家族とも対面し、和やかな雰囲気に包まれる一行。しかし、里に“魔王”の配下が迫っていた。　危機を察したマコトは仲間達と立ち上がるが……？

蠅王の正体が、かつて廃棄した「トーカ・ミモリ」であると気づいたヴィシスは、再び彼を葬らんと桐原拓斗をぶつけることに。そして始まる灯河と桐原の死闘。しかしヴィシスより【女神の解呪】を与えられた桐原には、【状態異常スキル】が通じず……？

【氷雪洞窟】を攻略したハジメたちを待ち受けるは、おびただしい数の魔人族の軍勢だった。
そして向かった魔王城にて、ついにハジメたちは最大の敵と対峙する。

冒険者カイゼルが救った３人の娘たちはすくすくと成長し14歳となり、それぞれの夢を胸に王都へと巣立っていった。
そして、娘たちを送り出してから４年が経過――。久方振りに王都を訪れたカイゼルを待ち受けていたのは立派に、そして可憐に成長した３人の姿だった。